Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

时间:2019-07-27 来源: 旅游
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作者:中国科学院天津工业生物技术研究所王晶晶

Canoco是使用生态学中的排序方法和几个相关领域的多变量统计分析最常用的包。 Canoco 1998和2002版(4.0和4.5)中常用的文章在过去20年中被引用了11,469次,而历史上主要版本(前10篇文章)引用了21,700次。

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Canoco 5是Canoco软件的一个新的,几乎完全重构的版本,于2012年10月发布.Canoco 5基于Canoco 4.5进行了许多改进,增加了一些新的分析方法(如PCNM)并完善了绘图功能。

本文以土壤理化因子和微生物种类数据为例,简要介绍了DCA的绘制过程。由于缺乏理解,预计不足和错误会给出更有价值的评论。

软件测试版安装包,安装说明和测试数据,后台回复“canoco5”。

物种数据(Phylum.xlsx),门级(任意级别的读者可选,自编),MT治疗组3次重复,HY治疗组3次重复

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环境数据(SP.xlsx),物理和化学因素,MT处理3次重复,HY处理3次重复

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单击“文件”,然后选择“导入项目” - “从excel .”弹出对话框。单击“添加文件.”以选择物种数据(phylum.xlsx)和环境数据(SP.xlsx)。

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单击“下一步”,将出现一个新对话框,将“选定的工作表将定义.项目表”中的数字更改为2.

RVqwf7K1KVztLj

单击“下一步”,出现一个新对话框,在“选择数据表”中选择物种数据,然后在“表名”中输入名称(微生物)。

RVqwf7j69BSOhc

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项。

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单击“下一步”,出现一个新对话框,在“选择数据表”中选择环境数据,然后在“表名”中输入名称(Env)。

RVqwf8NCARxyQR

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项。

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点击“完成”,出现一个新的对话框,选择第三个“受限物种排序,选择环境变量”

RVqwfH6E4bKUGV

单击“是”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfHTtCGY7M

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfHo6vXtt17

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfI5GdA5XrG

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfIRErNjpZf

单击“完成”,将出现一个新对话框。

RVqwfRbHxXkQEm

单击“是”以显示新对话框

RVqwfRv2x49llE

单击“是”,将出现一个新对话框,并连续单击“包括”按钮,直到“无需更改以改善拟合!”。出现对话框。

RVqwfSQCHJ6t6i

单击“确定”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfSiHgDveWr

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfc16jAHf8J

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfcMI8E36y5

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfcbFIGmqEp

点击“完成”,等待几分钟,结果显示如下,方法为PCA,调整后的解释为0.0%

RVqwfcw59L0ZLa

您可以单击窗口中心的“详细信息”以查看详细信息。您可以通过单击左侧的“复制”来复制结果。

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也就是说,前向选择结果下方窗口中显示的结果将被复制如下,例如粘贴到其他文本编辑器中

分析'交互式前向选择',步骤'前向选择'

正向选择结果:

名称解释%贡献%pseudo-F P P(adj)

TN 55.7 55.7 5.0 0.004 0.014

盐21.5 21.5 2.8 0.146 0.511

TOC 16.9 16.9 5.7 0.074 0.259

pH 3.9 3.9 2.0 0.298 0.4592

SK 2.0 2.0 <0.1 1.1。

单击左下角的“新建.”以显示对话框,默认选项

RVqwflCAkOe5Ng

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

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单击“下一步”,出现一个新对话框,选择“约束(种环境变量)”

RVqwflwF4vdfg9

单击“完成”,出现一个新对话框,默认选项(此页面可能不是,不关心)

RVqwfmICwxYGp7

单击“下一步”,出现一个新对话框,默认选项(此页面可能不是,不关心)

RVqwfmXHezvmwk

单击“下一步”,将出现一个新对话框。根据前向选择的结果,去除了环境因素。在这里,我们删除SN和SP,它们是先前分析结果中未显示在表格中的环境因素。

RVqwfu0JEJJHFj

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

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单击“下一步”,出现一个新对话框,选择“汇总爆炸效果”

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单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfv9ED2wYU9

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwfvTGixUeM1

单击“是”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwg3v55FAohP

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwg4KEfkdySO

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

RVqwg4eDHfI7rd

单击“下一步”,将出现一个新对话框,默认选项

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点击“完成”,等待几分钟,结果出现,方法为PCA,将解释方差调整为0.0%

RVqwgCH25DuLNO

根据“术语效应”,选择“TN TOC PH SALT”进行重新分析。方法如上,点击New .等。结果如下,方法为RDA,调整后的方差为90.2%

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TN对物种的影响很大。 TN对社区变异的解释为55.7%,可以作为推动社区变异的主要因素。

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点击“Graph1”,“Graph2”,将出现环境因素和物种,环境因素和RDA图。

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您还可以单击“图形” - “Triplots” - “带有环境变量”来创建包含图形,物种和环境因素的三元图。您可以单击工具栏按钮RVqwgJW3zIkHqZ添加该行。

RVqwgJk9fhu1oM

简介Canoco 5 for Canoco 4.x用户,2013,Cajo J.F. ter Braak和Petr Smilauer

生态数据的多元分析使用Canoco 5,2014,Petr?milauer,Jan Lep?

基于CANOCO的生态数据多元统计分析,2009,赖江山

+:分析婴儿和猫狗,梅毒,狂想曲,DNA,自然细胞,肠道命令,脑

系列教程:Microbiome Biostar微生物组基因组学入门

专业技能:学术图表,高分,文章,信件和不可或缺的人

阅读文章:宏基因组学寄生虫有益于进化树

基本技能:提出问题搜索尾注

文学阅读热心语义学者Geenmedical

扩增子分析:图表解释分析过程统计图谱

16S功能预测PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun

在线工具:16S预测媒体,原始绘图

研究经历:云笔记云协作公众号

编程模板: Shell R Perl

Bioscience:人体肠道细菌,生命大跃进,细胞战,人类神秘

学习16S扩增子,宏基因组研究思路和实战分析,注意“macrogen”

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